研究物種的系統進化關係的一些方法
1.《A novel fast vector method for genetic sequence comparison》：
（1）考慮嘌呤，嘧啶，酮，每兩個為一個字母，共23=6個字母；
（2）每個字母有個數，位置，二階距，形成18維向量；
（3）距離矩陣（歐式距離）；
（4）UPGMA建樹；
（5）和Clustal比較
Supplementary information accompanies this paper at https://doi.org/10.1038/s41598-017-12493-2.
（包含所用的資料）
2.《A novel alignment-free vector method to cluster protein sequences》：
（1）蛋白質的三個性質the hydropathy index（正負性3個阿拉伯字 母） , the polar requirement（3個阿拉伯字母） and the chemical composition of the side chain（2個阿拉伯字母），共8個；
（2）每個字母有個數，位置，二階距，形成24維向量；
（3）距離矩陣（歐式距離）；
（4）UPGMA建樹；
（5）和Clustal比較
Supplementary material associated with this article can be found, in the online version, at ： 10.1016/j.jtbi.2017.06.002.
3
（1）經典的12維向量（A C G T）;
（下面的目前還沒看明白，但是很有趣，好像用了拓撲的知識）
4.《An information-based network approach for protein classification》：
**有一些句子：
（1）Some representatives of these methods are the natural vector method [10, 13, 14], protein map [8,9], K-string dictionary [11], and Yau-Hausdorff distance
（下面的目前還沒看明白）
5.《A coevolution analysis for identifying protein- protein interactions by Fourier transform》：(yin changchun;yua,2016)
6.
（1）每個氨基酸（20個）有3個分量：個數，平均位置，二階距。共203=60維向量；
（2）Hausdorff距離，得距離矩陣