https://www.vitamodularis.org/articles/how_to_interpret_your_microbiome_data.shtml 內容來自這篇文章，只是摘抄翻譯了部分內容，英文好的直接出門左轉到原文。

首先，作者提到了在國外幾個較早的腸道菌檢測機構和平臺，美國腸道計劃AGP，uBiome，Atlasbiomed，這三家，是西方人能做的其中幾個。
然後，作者強調了HLA的重要性，舉了幾個例子，如類風溼，與Prophyromonas(擬桿菌門)相關。強直性脊柱炎與HLA-B27的關係，與Kleibsiella菌屬感染有關。多發性硬化症，疲勞綜合徵與支原體；萊姆病與包柔氏螺旋體相關，HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗溝鞭藻類的感染，其他的還有比如23andme把HLA分型用於預測牛皮癬的概率。
插句題外話，如果你有snp晶片的原始資料，可以娛樂性的幫你分出你的HLA型，準確率不夠高，但是也能用了。地址在這：

一、不同的腸道細菌門及其概述

後面是作者介紹了微生物的分類相關知識，關於腸道菌細菌門及其包含的相關細菌屬，順便提及了一下有的屬的作用:

1.西方人身上最多的Firmcutes厚壁菌門

其中的有益菌有Anaerostipes, Blautia, Dorea, Flavonifractor, Lactobacillus（乳酸桿菌屬）, Pseudobutyrivibrio, Robeburia（羅斯氏菌屬）, Ruminococcus（瘤胃球菌屬）, Sarcina

2.擬桿菌門，Bacteroidetes

西方人身上第二多的，革蘭氏陽性楊棒狀桿菌，包含幫我們消化蔬果的Prevotella普氏菌屬，消化脂肪的Alistipes，消化全穀物-發酵糖的Bacteroides擬桿菌屬和調節我們免疫系統的Barnesiella。當然也有有害菌，比如Porphyromonas卟啉單胞菌屬就與類風溼性關節炎、牙周病和細菌性陰道病相關。

3.疣微菌門，Verrucomicrobia

通常在淡水和土壤中發現的微小的疣狀細菌。在人類腸道中發現的最常見的物種是Akkermansia，它能降解腸道內壁產生的多餘粘蛋白(粘膜黏液)。Akkermansia是抗炎和保護對肥胖，結腸癌和自閉症。ps.這可是傳說中會讓你瘦的細菌哦！

4.變形菌門,Proteobacteria

主要為革蘭氏陽性有害細菌，包括波氏桿菌(百日咳)、布魯氏菌(布魯氏菌)、彎曲菌(胃腸炎)、大腸桿菌、幽門螺桿菌(胃炎和胃潰瘍)、沙門氏菌、志賀氏菌、弧菌(例如霍亂病原體霍亂弧菌)和耶爾森氏菌(例如鼠疫桿菌，鼠疫病原體)。腸道中最常見的種類是腸桿菌(機會性感染)、嗜血桿菌(口腔和鼻子常見，但可引起呼吸道感染)、脫硫弧菌(與腸易激綜合徵和自閉症有關)、Kluyvera、Sutterella(與自閉症有關)和Thalassospira。

5.放線菌門，Actinobacteria

在我們的口腔和生殖器中發現的一些最常見的微生物。它們是革蘭氏陽性，典型的作用是分解有機物。在腸道中發現的變種通常是有益的，如柯林塞拉、捲曲隱桿菌和雙歧桿菌(它甚至被用作益生菌並新增到Activia酸奶中)。

二、腸道有益菌的比例問題

1. 這裡還是先強調了丁酸產生菌和短鏈脂肪酸（SCFAs）產生菌。

丁酸誘導粘蛋白合成，加強上皮細胞之間的連線，從而防止炎症和腸漏綜合徵。產生丁酸的細菌保護你的腸道免受炎症、潰瘍性結腸炎和結直腸癌的侵害。主要有6大類，Anaerostipes, Flavonifractor, Faecalibacterium, Pseudobutyrivibrio, Roseburia and Subdoligranulum。
然而，細菌如擬桿菌和Alistipes會將乳酸轉化為其他短鏈脂肪酸(SCFA)，如乙酸、甲酸或丙酸，如果這些脂肪酸含量過大，會損害腸道的內壁，引起腸道炎症和高滲透性，從而導致自身免疫性疾病。因此，儘管類桿菌和脂肪有益於消化全穀物和脂肪，但如果它們的比例超過了上面產生丁酸的堅韌物質的比例，則極有可能導致疾病。因此，保持更高的丁酸產生菌比例是很重要的，如果可能的話，是擬桿菌和Alistipes菌的兩到三倍。但你也不想有太少的類桿菌和靈芝，因為它們也能保護你免受致病菌的傷害。但你也不能有太少的擬桿菌和Alistipes菌，因為它們也能保護你免受致病菌的傷害。
乳酸是由酸奶中的乳酸菌和乳酸菌、雙歧桿菌等益生菌產生的。
下面是這丁酸和乳酸兩個代謝途徑的圖!

2. 斯米氏甲烷桿菌(Methanoberebacter smithii)

米氏甲烷桿菌是一種非常獨特但很有用的細菌。它是在人類腸道中發現的唯一的古菌門的成員。它能減少硫酸鹽和回收多餘的氫和二氧化碳為甲烷，這可以增加從營養物質中提取的能量。換句話說，M.smithii優化能量攝入，使人們吃得更少。結果發現，在瘦的人比肥胖的人中發現M.smithii的頻率更高，而厭食症患者的水平甚至更高。
作者已經做了一個表格，總結了主要的共生腸道細菌和他們的功能，以及其他有用的細節，如它們消化的食物。

三、腸道細菌和疾病

許多研究表明腸道失調與炎症性腸病(IBD)有關。這通常涉及到擬桿菌門/厚壁菌門的比例過高，但也存在一些特殊的致病菌，如大腸桿菌(Darfeuille-Michaud 2004)、鳥類分枝桿菌(Rosenfeld和Bressler 2010)、肺炎克雷伯菌和奇異變形桿菌(Garrett等人。(2010年)。一些物種似乎對IBD有保護作用，如Faecalibacterium prausnitzii(大名鼎鼎的普拉梭菌)和其他丁酸生產菌。
克羅恩病(Crohn‘s Disease，簡稱Crohn’(2013年)，研究發現，與健康人或未受感染的親屬相比，患者有更多的活潑瘤胃球菌和Collinsella airfaciens，但扭鏈瘤胃球菌較低(Joossens等人。(2013年)。
乳糜瀉：與健康對照組相比，患者還顯示出更多的擬桿菌屬和Prevotella屬(De Palma等人。2010年，Schippa等人。(2010年)，並顯著降低了雙歧桿菌和Faecalibacium的水平。
腸道失調似乎在孤獨症中起著重要的作用。自閉症兒童被發現有更多的擬桿菌門(Finegold等人)和梭菌屬(如對溶組織梭菌，Finegold et al.和2002年，Parracho）。Wang等人2013年報告稱，患有自閉症譜系障礙、便祕和腹瀉的兒童糞便中Sutterella wadswarensis以及扭鏈瘤胃球菌(Ruminococcus torques)和活潑瘤胃球菌(Ruminococcus gnavus)的丰度增加。在沒有自閉症的兒童中，Sutterella通常不存在或不到1%的腸道菌群，但在孤獨症患者中幾乎總是以1%至7%的頻率出現。Wang等人。2011年還發現自閉症兒童糞便中黏液溶解細菌的相對丰度較低，如黏性阿克曼桿菌和雙歧桿菌的相對丰度較低。
雙歧桿菌科中，發現了許多益生菌，似乎對幾種自身免疫性疾病起到保護作用。除了乳糜洩，類風溼關節炎患者(Vaahtovao等。糖尿病(Wu等人。2010年)發現雙歧桿菌的水平顯著降低。
結果表明，老年人的微生物區系具有較低的物種水平多樣性。雖然在個體間觀察到了很大的差異，Claesson等人。2010年的報告稱，老年人的雙歧桿菌和厚壁菌門比例普遍下降，但擬桿菌門的含量有所增加。Biagi等人。2010年，研究人員發現百歲老人體內出現了不受歡迎的變形桿菌和桿菌(如葡萄球菌)，這可能是免疫系統不能再擺脫病原體的一個跡象。

變形桿菌是危害人類健康的主要病原菌。加州大學洛杉磯分校科學家的一項研究(克拉克等人。研究結果表明，腸道通透性(腸道滲漏)和變形菌(如腸桿菌、大腸桿菌、克雷伯菌、巴氏桿菌、假單胞菌或沙門氏菌等小細菌)比例的突然增加是果蠅健康迅速下降和即將死亡的一個跡象。這同樣適用於人類。用抗生素治療的果蠅存活了三倍多(20天，相當於30人年)。研究表明，年齡的下降與腸道微生物群落的變化密切相關。
後面是口腔等微生物組的內容，沒有繼續翻譯。