聚類演算法——python實現SOM演算法
阿新 • • 發佈:2018-12-31
演算法簡介
SOM網路是一種競爭學習型的無監督神經網路,將高維空間中相似的樣本點對映到網路輸出層中的鄰近神經元。
訓練過程簡述:在接收到訓練樣本後,每個輸出層神經元會計算該樣本與自身攜帶的權向量之間的距離,距離最近的神經元成為競爭獲勝者,稱為最佳匹配單元。然後最佳匹配單元及其鄰近的神經元的權向量將被調整,以使得這些權向量與當前輸入樣本的距離縮小。這個過程不斷迭代,直至收斂。
網路結構:輸入層和輸出層(或競爭層),如下圖所示。 輸入層:假設一個輸入樣本為X=[x1,x2,x3,…,xn],是一個n維向量,則輸入層神經元個數為n個。 輸出層(競爭層):通常輸出層的神經元以矩陣方式排列在二維空間中,每個神經元都有一個權值向量。 假設輸出層有m個神經元,則有m個權值向量,Wi = [wi1,wi2,....,win], 1<=i<=m。
演算法流程: 1. 初始化:權值使用較小的隨機值進行初始化,並對輸入向量和權值做歸一化處理 X’ = X/||X|| ω’i= ωi/||ωi||, 1<=i<=m ||X||和||ωi||分別為輸入的樣本向量和權值向量的歐幾里得範數。 2.將樣本輸入網路:樣本與權值向量做點積,點積值最大的輸出神經元贏得競爭, (或者計算樣本與權值向量的歐幾里得距離,距離最小的神經元贏得競爭)記為獲勝神經元。 3.更新權值:對獲勝的神經元拓撲鄰域內的神經元進行更新,並對學習後的權值重新歸一化。 ω(t+1)= ω(t)+ η(t,n) * (x-ω(t)) η(t,n):η為學習率是關於訓練時間t和與獲勝神經元的拓撲距離n的函式。 η(t,n)=η(t)e^(-n) η(t)的幾種函式影象如下圖所示。 4.更新學習速率η及拓撲鄰域N,N隨時間增大距離變小,如下圖所示。 5.判斷是否收斂。如果學習率η<=ηmin或達到預設的迭代次數,結束演算法。
python程式碼實現SOM
import numpy as np
import pylab as pl
class SOM(object):
def __init__(self, X, output, iteration, batch_size):
"""
:param X: 形狀是N*D, 輸入樣本有N個,每個D維
:param output: (n,m)一個元組,為輸出層的形狀是一個n*m的二維矩陣
:param iteration:迭代次數
:param batch_size:每次迭代時的樣本數量
初始化一個權值矩陣,形狀為D*(n*m),即有n*m權值向量,每個D維
"""
self.X = X
self.output = output
self.iteration = iteration
self.batch_size = batch_size
self.W = np.random.rand(X.shape[1], output[0] * output[1])
print (self.W.shape)
def GetN(self, t):
"""
:param t:時間t, 這裡用迭代次數來表示時間
:return: 返回一個整數,表示拓撲距離,時間越大,拓撲鄰域越小
"""
a = min(self.output)
return int(a-float(a)*t/self.iteration)
def Geteta(self, t, n):
"""
:param t: 時間t, 這裡用迭代次數來表示時間
:param n: 拓撲距離
:return: 返回學習率,
"""
return np.power(np.e, -n)/(t+2)
def updata_W(self, X, t, winner):
N = self.GetN(t)
for x, i in enumerate(winner):
to_update = self.getneighbor(i[0], N)
for j in range(N+1):
e = self.Geteta(t, j)
for w in to_update[j]:
self.W[:, w] = np.add(self.W[:,w], e*(X[x,:] - self.W[:,w]))
def getneighbor(self, index, N):
"""
:param index:獲勝神經元的下標
:param N: 鄰域半徑
:return ans: 返回一個集合列表,分別是不同鄰域半徑內需要更新的神經元座標
"""
a, b = self.output
length = a*b
def distence(index1, index2):
i1_a, i1_b = index1 // a, index1 % b
i2_a, i2_b = index2 // a, index2 % b
return np.abs(i1_a - i2_a), np.abs(i1_b - i2_b)
ans = [set() for i in range(N+1)]
for i in range(length):
dist_a, dist_b = distence(i, index)
if dist_a <= N and dist_b <= N: ans[max(dist_a, dist_b)].add(i)
return ans
def train(self):
"""
train_Y:訓練樣本與形狀為batch_size*(n*m)
winner:一個一維向量,batch_size個獲勝神經元的下標
:return:返回值是調整後的W
"""
count = 0
while self.iteration > count:
train_X = self.X[np.random.choice(self.X.shape[0], self.batch_size)]
normal_W(self.W)
normal_X(train_X)
train_Y = train_X.dot(self.W)
winner = np.argmax(train_Y, axis=1).tolist()
self.updata_W(train_X, count, winner)
count += 1
return self.W
def train_result(self):
normal_X(self.X)
train_Y = self.X.dot(self.W)
winner = np.argmax(train_Y, axis=1).tolist()
print (winner)
return winner
def normal_X(X):
"""
:param X:二維矩陣,N*D,N個D維的資料
:return: 將X歸一化的結果
"""
N, D = X.shape
for i in range(N):
temp = np.sum(np.multiply(X[i], X[i]))
X[i] /= np.sqrt(temp)
return X
def normal_W(W):
"""
:param W:二維矩陣,D*(n*m),D個n*m維的資料
:return: 將W歸一化的結果
"""
for i in range(W.shape[1]):
temp = np.sum(np.multiply(W[:,i], W[:,i]))
W[:, i] /= np.sqrt(temp)
return W
#畫圖
def draw(C):
colValue = ['r', 'y', 'g', 'b', 'c', 'k', 'm']
for i in range(len(C)):
coo_X = [] #x座標列表
coo_Y = [] #y座標列表
for j in range(len(C[i])):
coo_X.append(C[i][j][0])
coo_Y.append(C[i][j][1])
pl.scatter(coo_X, coo_Y, marker='x', color=colValue[i%len(colValue)], label=i)
pl.legend(loc='upper right')
pl.show()
#資料集:每三個是一組分別是西瓜的編號,密度,含糖量
data = """
1,0.697,0.46,2,0.774,0.376,3,0.634,0.264,4,0.608,0.318,5,0.556,0.215,
6,0.403,0.237,7,0.481,0.149,8,0.437,0.211,9,0.666,0.091,10,0.243,0.267,
11,0.245,0.057,12,0.343,0.099,13,0.639,0.161,14,0.657,0.198,15,0.36,0.37,
16,0.593,0.042,17,0.719,0.103,18,0.359,0.188,19,0.339,0.241,20,0.282,0.257,
21,0.748,0.232,22,0.714,0.346,23,0.483,0.312,24,0.478,0.437,25,0.525,0.369,
26,0.751,0.489,27,0.532,0.472,28,0.473,0.376,29,0.725,0.445,30,0.446,0.459"""
a = data.split(',')
dataset = np.mat([[float(a[i]), float(a[i+1])] for i in range(1, len(a)-1, 3)])
dataset_old = dataset.copy()
som = SOM(dataset, (5, 5), 1, 30)
som.train()
res = som.train_result()
classify = {}
for i, win in enumerate(res):
if not classify.get(win[0]):
classify.setdefault(win[0], [i])
else:
classify[win[0]].append(i)
C = []#未歸一化的資料分類結果
D = []#歸一化的資料分類結果
for i in classify.values():
C.append(dataset_old[i].tolist())
D.append(dataset[i].tolist())
draw(C)
draw(D)
由於資料比較少,就直接用的訓練集做測試了,執行結果圖如下,分別是對未歸一化的資料和歸一化的資料進行的展示。