設有q個因變數{y1,y2...yq}和p個自變數{x1,x2...xp}。為了研究因變數和自變數的統計關係，觀測n個樣本點，構成了自變數與因變數的資料表X= 和Y= 。部分最小二乘迴歸分別在X和Y中提取成分和,他們分別是x1,...,xp和y1,...,yq的線性組合。提取這兩個成分有以下要求：

（1）兩個成分儘可能多的攜帶他們各自資料表的變異資訊。

（2）兩個成分的相關程度達到最大。

也就是說，他們能夠儘可能好地代表各自的資料表，同時自變數成分對因變數成分有最強的解釋能力。

在第一個成分被成功提取後，分別實施X對的迴歸和Y對的迴歸。如果迴歸方程達到滿意的精度則終止演算法；否則，利用殘餘資訊進行第二輪的成分提取，直到達到一個滿意的精度。

·該M檔案plsfactor.m是專門提取主函式檔案。

%用於提取主函式檔案
function [omega,t,pp,XXX,r,YYY]=plsfactor(X0,Y0)
XX=X0'*Y0*Y0'*X0;
[V,D]=eig(XX);
Lamda=max(D);
[MAXLamda,I]=max(Lamda);           %最大特徵值對應的特徵向量
omega=V(:,I);
%第一主元
t=X0*omega;
pp=X0'*t/(t'*t);
XXX=X0-t*pp';
r=Y0'*t/(t'*t);
YYY=Y0-t*r';

該M檔案pls.m是對自變數X和因變數Y進行部分最小二乘迴歸（偏最小二乘迴歸）的函式檔案

function [beta,VIP]=pls(X,Y)%
[n,p]=size(X);%
[n,q]=size(Y);%
meanX=mean(X);%                           %均值
varX=var(X);         %                          %方差
meanY=mean(Y); %                      
varY=var(Y);          %
%%%資料標準化過程
for i=1:p               %
    for j=1:n           %
        X0(j,i)=(X(j,i)-meanX(i))/((varX(i))^0.5);%
    end
end
for i=1:q
    for j=1:n
        Y0(j,i)=(Y(j,i)-meanY(i))/((varY(i))^0.5);%
    end
end


[omega(:,1),t(:,1),pp(:,1),XX(:,:,1),rr(:,1),YY(:,:,1)]=plsfactor(X0,Y0);%
[omega(:,2),t(:,2),pp(:,2),XX(:,:,2),rr(:,2),YY(:,:,2)]=plsfactor(XX(:,:,1),YY(:,:,1));%
PRESShj=0;%
tt0=ones(n-1,2);%

for i=1:n
    YY0(1:(i-1),:)=Y0(1:(i-1),:);%
    YY0(i:(n-1),:)=Y0((i+1):n,:);%
    tt0(1:(i-1),:)=t(1:(i-1),:);%
    tt0(i:(n-1),:)=t((i+1):n,:);%
    expPRESS(i,:)=(Y0(i,:)-t(i,:)*inv((tt0'*tt0))*tt0'*YY0);%
   for m=1:q
       PRESShj=PRESShj+expPRESS(i,m)^2;%
   end
end
sum1=sum(PRESShj);%
PRESSh=sum(sum1);%

for m=1:q
    for i=1:n
        SShj(i,m)=YY(i,m,1)^2;
    end
end
sum2=sum(SShj);
SSh=sum(sum2);
Q=1-(PRESSh/SSh);
k=3;
%%%迴圈，提取主元
while Q>0.0975
    [omega(:,k),t(:,k),pp(:,k),XX(:,:,k),rr(:,k),YY(:,:,k)]=plsfactor(XX(:,:,k-1),YY(:,:,k-1));
    PRESShj=0;
    tt00=ones(n-1,k);
    for i=1:n
        YY0(1:(i-1),:)=Y0(1:(i-1),:);
        YY0(i:(n-1),:)=Y0((i+1):n,:);
        tt00(1:(i-1),:)=t(1:(i-1),:);
        tt00(i:(n-1),:)=t((i+1):n,:);
        expPRESS(i,:)=(Y0(i,:)-t(i,:)*((tt00'*tt00)^(-1))*tt00'*YY0);
        for m=1:q
            PRESShj=PRESShj+expPRESS(i,m)^2;
        end
    end
    
    for m=1:q
        for i=1:n
            SShj(i,m)=YY(i,m,k-1)^2;
        end
    end
    sum2=sum(SShj);
    SSh=sum(sum2);
    Q=1-(PRESSh/SSh);
    
    if Q>0.0975
        k=k+1;
    end
end

h=k-1;  %%%提取主元的個數
omegaxing=ones(p,h,q);
%%%還原迴歸係數
for m=1:q
 omegaxing(:,1,m)=rr(m,1)*omega(:,1);
 for i=2:(h)
     for j=1:(i-1)
         omegaxingi=(eye(p)-omega(:,j)*pp(:,j)');
         omegaxingii=eye(p);
         omegaxingii=omegaxingii*omegaxingi;
     end
     omegaxing(:,i,m)=rr(m,i)*omegaxingii*omega(:,i);
 end
 beta(:,m)=sum(omegaxing(:,:,m),2);
end
for i=1:h
    for j=1:q
        relation(i,j)=sum(prod(corrcoef(t(:,i),Y(:,j))))/2;
    end
end
%%%%%%%%
Rd=relation.*relation;
RdYt=sum(Rd,2)/q;
Rdtttt=sum(RdYt);
omega22=omega.*omega;
VIP=((p/Rdtttt)*(omega22*RdYt)).^0.5;    %%%計算VIP係數