LEfse分析定義 LEfse分析即LDA Effect Size分析，可以實現多個分組之間的比較，還進行分組比較的內部進行亞組比較分析，從而找到組間在丰度上有顯著差異的物種（即biomaker）；

主要是通過非引數因子Kruskal-Wallis秩和檢驗來實現的。

執行LEfSe軟體主要分三大步驟：第一步：需要把普通的物種、基因等等的丰度資訊的表格轉化成LEfSe識別的格式。這一步會生成.in結尾的檔案

第二步：這一步也是最關鍵的一步，統計顯著差異的biomarker、統計子組組間差異、統計effect sizes（LDA score），會生成.res格式的檔案。如下圖所示Step1：兩組或兩組以上的樣本中採用的非引數因子Kruskal-Wallis秩和檢驗檢測出biomarker。

Step2：基於上步的顯著差異物種基因，進行兩兩組之間的Wilcoxon秩和檢驗，檢測出組間差異。

Step3：線性判別分析（LDA）對biomarker進行評估差異顯著的物種的影響力（即LDA score），最終獲得biomarker。第三步：基於第二大步的資料，繪製各種圖片。如下圖所示

LDA值分佈柱狀圖：

展示了LDA score大於設定值有差異的物種，即具有統計學差異的biomaker。展現不同組中丰度有顯著差異的物種，柱狀圖的長度代表顯著差異物種的影響大小；

進化分支圖：

由內至外輻射的圓圈代表了由門至屬（或種）的分類級別。在不同分類級別上的每一個小圓圈代表該水平下的一個分類，小圓圈直徑大小與相對丰度大小呈正比。

著色原則：無顯著差異的物種統一著色為黃色，差異物種 Biomarker跟隨組進行著色，紅色節點表示在紅色組別中起到重要作用的微生物類群，綠色節點表示在綠色組別中起到重要作用的微生物類群，其它圈顏色意義類同。圖中英文字母表示的物種名稱在右側圖例中進行展示。

biomaker在不同組各樣本中的丰度比較圖：

將biomaker丰度最高的樣本的丰度設定為1，其他樣品中該 biomarker 的丰度為相對於丰度最高樣品的相對值。