如何從NCBI下載SRA資料
阿新 • • 發佈：2019-02-02
1.找到需要的sra資料，找到對應的sample Accession，或者叫做：Experiment Accession。我在做的時候使用的是：Experiment Accession，因為用sample Accession，搜尋結果頁沒有對應的那個連結：
SRX145808
3.點選：
，如下圖所示：
2.開啟NCBI，然後搜尋： |
3.點選：
4：，右擊滑鼠，選擇“複製下載連結”。
進入Putty下載。
5.wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByExp/sra/SRX/SRX145/SRX145807/SRR493740/SRR493740.sra
——————————————————————————————————————————————————————————————————————————】
使用sra toolkit 轉換sra資料為fastq
wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
convert .sra file to .fastq file
.../fastq-dump .../SRRXXXXXX.sra
or to fasta
.../fastq-dump --fasta .../SRRXXXXXXX.sra
...represents path