和C語言類似，在Shell中用if、then、elif、else、fi這幾條命令實現分支控制。這種流程控制語句本質上也是由若干條Shell命令組成的，例如先前講過的

if [ -f ~/.bashrc ]; then
    . ~/.bashrc
fi

其實是三條命令，if [ -f ~/.bashrc ]是第一條，then . ~/.bashrc是第二條，fi是第三條。如果兩條命令寫在同一行則需要用;號隔開，一行只寫一條命令就不需要寫;號了，另外，then後面有換行，但這條命令沒寫完，Shell會自動續行，把下一行接在then後面當作一條命令處理。和[命令一樣，要注意命令和各引數之間必須用空格隔開。if

#! /bin/sh

if [ -f /bin/bash ]
then echo "/bin/bash is a file"
else echo "/bin/bash is NOT a file"
fi
if :; then echo "always true"; fi

:是一個特殊的命令，稱為空命令，該命令不做任何事，但Exit Status總是真。此外，也可以執行/bin/true

#! /bin/sh

echo "Is it morning? Please answer yes or no."
read YES_OR_NO
if [ "$YES_OR_NO" = "yes" ]; then
  echo "Good morning!"
elif [ "$YES_OR_NO" = "no" ]; then
  echo "Good afternoon!"
else
  echo "Sorry, $YES_OR_NO not recognized. Enter yes or no."
  exit 1
fi
exit 0

上例中的read命令的作用是等待使用者輸入一行字串，將該字串存到一個Shell變數中。

此外，Shell還提供了&&和||語法，和C語言類似，具有Short-circuit特性，很多Shell指令碼喜歡寫成這樣：

test "$(whoami)" != 'root' && (echo you are using a non-privileged account; exit 1)

&&相當於“if...then...”，而||相當於“if not...then...”。&&和||用於連線兩個命令，而上面講的-a和-o僅用於在測試表達式中連線兩個測試條件，要注意它們的區別，例如，

test "$VAR" -gt 1 -a "$VAR" -lt 3

和以下寫法是等價的

test "$VAR" -gt 1 && test "$VAR" -lt 3