轉自：https://baike.baidu.com/item/RPKM/1197657

均反應基因的表達水平

1.RPKM的計算公式

分母是總共比對到這個基因的reads的數目（條 為單位），分母是：比對上的reads的總數（百萬條為單位）；外顯子的長度也就是基因的長度（KB為單位）。

2.舉個計算的例子

3.為什麼需要這樣計算呢？

Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads

具體含義是：每百萬reads中來自於某基因每千鹼基長度的reads數。

若是單純以map到的read數來計算基因的表達量，在統計上是不合理的。

因為在隨機抽樣的情況下，序列較長的基因被抽到的機率本來就會比序列短的基因較高，如此一來，序列長的基因永遠會被認為表達量較高，而錯估基因真正的表現量。

4.FPKM計算公式

含義： FPKM代表每千個鹼基的轉錄每百萬對映讀取的碎片。

兩者就是分子不同，RPKM分子是reads，FPKM分子是fragment。

5. reads與fragment的區別

轉自：https://www.cnblogs.com/jinhh/p/8964790.html

Reads即是指下機後fastq資料中的每一條Reads，Fragments則是指每一段用於測序的核酸片段，在SE中，一個Fragments只測一條Reads，所以，Reads數與Fragments數目相等；在PE中，一個Fragments測兩端，會得到2條Reads，但由於後期質量或比對的過濾，有可能一個Fragments的2條Reads最後只有一條進入最後的表達量分析。總之，對某一對Reads而言，這2條Reads只能算一個Fragments，所以，Fragment的最終數目是Reads的1到2倍之間。

 轉自：http://www.oebiotech.com/Article/jdcxzdcymc.html

 Fragments：就是打成的片段，而測序測的就是這些fragments， 測出來的結果就是reads，又可以分為單端測序和雙端測序，單端測序的話，只是從fragments的一端測序，測多長read就多長，雙端測序就是從一個fragments的兩端測，就會得出兩個reads。

8.FPKM：將RPKM中的read換成freagment來理解。如果是single-end測序，二者FPKM和RPKM是一致的。如果是pair-end測序，每個fragments會有兩個reads，FPKM只計算兩個reads能比對到同一個轉錄本的fragments數量，而RPKM計算的是可以比對到轉錄本的reads數量。