轉錄本組裝軟體StringTie的使用說明

• StringTie

轉錄組分析流程 HISTA + StringTie 組合。其Protocol 發表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 

其中StringTie 在組裝轉錄本的完整度，精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升。

StringTie 使用說明:

  stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]

  [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]

  [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]

  [-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.out>] [-h] {-B | -b <dir_path>}

  選項:

    --version : 輸出軟體的版本資訊

    -G 參考序列的基因註釋檔案 (GTF/GFF3)

    -l 輸出轉錄本的名稱字首 (default: STRG)

    -f 最少轉錄本的比例 (default: 0.1)

    -m 組裝轉錄本的最小長度 (default: 200)

    -o 組裝轉錄本的GTF註釋檔案 (default: stdout)

    -a 連線位點錨定序列的最小長度 (default: 10)

    -j 連線位點的最小覆蓋度 (default: 1)

    -t 基於覆蓋度對預測的轉錄本進行修正 (default: coverage trimming is enabled)

    -c 組裝轉錄本的reads最小覆蓋度(default: 2.5)

    -v 輸出log 資訊

    -g 比對上的reads 間距大於閥值則新城一個新的轉錄束 (default: 50)

    -C 輸出參考轉錄本中被reads 覆蓋到的轉錄本

    -M 轉錄束允許多比對reads覆蓋的最大佔比 (default:0.95)

    -p 執行緒（CPU)數 (default: 1)

    -A 基因豐都輸出檔案

    -B 在輸出的GFT同目錄下輸出Ballgown table 檔案

    -b 在 <dir_path> 目錄下輸出Ballgown table 檔案 

    -e 只對參考轉錄本進行豐都評估 (requires -G)

    -x 不在參考序列區域組裝任何的新轉錄本

    -u 多比對校正 (default: correction enabled)

    -h 輸出軟體的幫助資訊

轉錄本合併模式使用說明:

  stringtie --merge [Options] { gtf_list | strg1.gtf ...}

  選項

    -G <guide_gff>   參考轉錄本的註釋資訊 (GTF/GFF3)

    -o <out_gtf>     合併轉錄本的GTF輸出檔案 (default: stdout)

    -m <min_len>     合併轉錄本的最小長度(default: 50)

    -c <min_cov>     合併轉錄本的最低覆蓋度(default: 0)

    -F <min_fpkm>    合併轉錄本的最小FPKM值(default: 1.0)

    -T <min_tpm>     合併轉錄本的最小TPM值(default: 1.0)

    -f <min_iso>     isoform 最小比例(default: 0.01)

    -g <gap_len>     轉錄本見GAP長度小於閥值則合併兩轉錄本 (default: 250)

    -i               允許合併轉錄本中有內含子保留; by default

    -l <label>       輸出的轉錄本名稱字首 (default: MSTRG)