RNA-seq流程需要進化啦！
阿新 • • 發佈：2018-11-09
RNA-seq流程需要進化啦！
Posted on 2015年9月25日Tophat 首次被髮表已經是6年前
Cufflinks也是五年前的事情了
Star的比對速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。
stringTie的組裝速度是cufflinks的25倍，但是記憶體消耗卻不到其一半。
Ballgown在差異分析方面比cuffdiff更高的特異性及準確性，且時間消耗不到cuffdiff的千分之一
Bowtie2+eXpress做質量控制優於tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM
Sailfish更是跳過了比對的步驟，直接進行kmer計數來做QC，特異性及準確性都還行，但是速度提高了25倍
kallisto同樣不需要比對，速度比sailfish還要提高5倍！！！
參考：https://speakerdeck.com/stephenturner/rna-seq-qc-and-data-analysis-using-the-tuxedo-suite
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