1.  BLAST（核酸蛋白序列比對）：

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

2.  miRBase（miRNA資料庫網站）：

http://www.mirbase.org/

3.  PlantCARE（啟動子元件分析網站）：

    http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

4.  Weblogo（核酸蛋白序列位點保守性分析）：

http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

5.  CBS Prediction Servers（綜合分析，強烈推薦）

http://www.cbs.dtu.dk/services/

其中比較常用的有：

     Promoter 2.0 Prediction Server（轉錄起始位點預測）

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

SignalP 4.1 Server（訊號肽預測）

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

  TargetP 1.1 Server（亞細胞定位預測）

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

  TMHMM Server v.2.0（蛋白跨膜結構預測）

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

6.  SWISS-MODEL（蛋白三維建模）

https://swissmodel.expasy.org/

7.  RNA22（miRNA靶基因預測）

https://cm.jefferson.edu/rna22/

8.  PDB（蛋白質資料庫）

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

9. 

http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/jakj/dianzi/Bioinf4/miRNA/miRNA1.htm

10.TAIR（擬南芥資料庫）

http://www.arabidopsis.org/

11.文獻搜尋（農大沒有版權的文獻下載）

http://www.sci-hub.cc/

12.生物序列的視覺化示意圖製作（IBS）

http://ibs.biocuckoo.org/

13.InterPro（蛋白質序列分析）

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

14.RNA結合蛋白預測

RNA binding motif (RRM) containing

http://www.genenames.org/genefamilies/RBM

RBPmap

http://rbpmap.technion.ac.il/

RNApred

http://www.imtech.res.in/raghava/rnapred/help.html