一、核心企業信用風險
        在供應鏈金融中，核心企業掌握了供應鏈的核心價值，擔當了整合供應鏈物流、資訊流和資金流的關鍵角色，商業銀行正是基於核心企業的綜合實力、信用增級及其對供應鏈的整體管理程度，而對上下游中小企業開展授信業務，因此，核心企業經營狀況和發展前景決定了上下游企業的生存狀況和交易質量。
        一旦核心企業信用出現問題，必然會隨著供應鏈條擴散到上下游企業，影響到供應鏈金融的整體安全。一方面，核心企業能否承擔起對整個供應鏈金融的擔保作用是一個問題，核心企業可能因信用捆綁累積的或有負債超過其承受極限使供應鏈合作伙伴之間出現整體兌付危機；另一方面，當核心企業在行業中的地位發生重大不利變化時，核心企業可能變相隱瞞交易各方的經營資訊，甚至出現有計劃的串謀融資，利用其強勢地位要求並組織上下游合作方向商業銀行取得融資授信，再用於體外迴圈，致使銀行面臨巨大的惡意信貸風險。
二、上下游企業信用風險

        雖然供應鏈金融通過引用多重信用支援技術降低了銀企之間的資訊不對稱和信貸風險，通過設計機理弱化了上下游中小企業自身的信用風險，但作為直接承貸主體的中小企業，其公司治理結構不健全、制度不完善、技術力量薄弱、資產規模小、人員更替頻繁、生產經營不穩定、抗風險能力弱等問題仍然存在，特別是中小企業經營行為不規範、經營透明度差、財務報表缺乏可信度、守信約束力不強等現實問題仍然難以解決。
        與此同時，在供應鏈背景下，中小企業的信用風險已發生根本改變，其不僅受自身風險因素的影響，而且還受供應鏈整體運營績效、上下游企業合作狀況、業務交易情況等各種因素的綜合影響，任何一種因素都有可能導致企業出現信用風險。
三、貿易背景真實性風險

        自償性是供應鏈金融最顯著的特點，而自償的根本依據就是貿易背後真實的交易。在供應鏈融資中，商業銀行是以實體經濟中供應鏈上交易方的真實交易關係為基礎，利用交易過程中產生的應收賬款、預付賬款、存貨為質押/抵押，為供應鏈上下游企業提供融資服務。 在融資過程中，真實交易背後的存貨、應收賬款、核心企業補足擔保等是授信融資實現自償的根本保證，一旦交易背景的真實性不存在，出現偽造貿易合同、或融資對應的應收賬款的存在性/合法性出現問題、或質押物權屬/質量有瑕疵、或買賣雙方虛構交易惡意套取銀行資金等情況出現，銀行在沒有真實貿易背景的情況下盲目給予借款人授信，就將面臨巨大的風險。
四、業務操作風險        操作風險是當前業界普遍認同的供應鏈金融業務中最需要防範的風險之一。供應鏈金融通過自償性的交易結構設計以及對物流、資訊流和資金流的有效控制，通過專業化的操作環節流程安排以及獨立的第三方監管引入等方式，構築了獨立於企業信用風險的第一還款來源。 但這無疑對操作環節的嚴密性和規範性提出了很高的要求，並造成了信用風險向操作風險的位移，因為操作制度的完善性、操作環節的嚴密性和操作要求的執行力度將直接關係到第一還款來源的效力，進而決定信用風險能否被有效遮蔽。
五、物流監管方風險

        在供應鏈金融模式下，為發揮監管方在物流方面的規模優勢和專業優勢，降低質押貸款成本，銀行將質物監管外包給物流企業，由其代為實施對貨權的監督。但此項業務外包後，銀行可能會減少對質押物所有權資訊、質量資訊、交易資訊動態瞭解的激勵，並由此引入了物流監管方的風險。
        由於資訊不對稱，物流監管方會出於自身利益追逐而做出損害銀行利益的行為，或者由於自身經營不當、不盡責等致使銀行質物損失。如個別企業串通物流倉儲公司有關人員出具無實物的倉單或入庫憑證向銀行騙貸，或者偽造出入庫登記單，在未經銀行同意情況下，擅自提取處置質物，或者無法嚴格按照操作規則要求盡職履行監管職責導致貨物質量不符或貨值缺失。
六、抵質押資產風險
        抵質押資產作為供應鏈金融業務中對應貸款的第一還款源，其資產狀況直接影響到銀行信貸回收的成本和企業的償還意願。一方面，抵質押資產是受信人如出現違約時銀行彌補損失的重要保證；另一方面，抵質押資產的價值也影響著受信人的還款意願，當抵質押資產的價值低於其信貸敞口時，受信人的違約動機將增大。
供應鏈金融模式下的抵質押資產主要分為兩類：應收賬款類和存貨融資類。應收賬款類的風險主要在於應收賬款交易對手信用狀況、應收賬款的賬齡、應收賬款退款的可能性等。存貨類融資的主要風險在於質物是否缺失、質物價格是否波動較大、質物質量是否容易變異以及質物是否易於變現等。