1. package test;
   
   public class test3 {
   
   	public static void main(String[] args) {
   		// TODO Auto-generated method stub
   		String []x=new String[]{"","A","C","T","C","C","T","A","G"};//比較序列X
   		String []y=new String[]{"","C","A","T","T","C","A","G","C"};//比較序列Y
   		int [][]b=new int [x.length][y.length];//陣列b是用來儲存c[i][j]是由哪個子問題的解得到的
   		int m,n;
   		m=x.length-1;
   		n=y.length-1;
   		
   		lcsLength(x,y,b);
   		lcs(m,n,x,b);
   
   	}
   	public static int lcsLength(String []x,String[]y,int[][]b){
   		int m=x.length-1;
   		int n=y.length-1;
   		int [][]c=new int[m+1][n+1];//陣列c儲存最長公共子序列的長度
   		for(int i=1;i<=m;i++)
   			c[i][0]=0;
   		for(int i=1;i<=n;i++)
   			c[0][i]=0;
   		for(int i=1;i<=m;i++)
   			for(int j=1;j<=n;j++){
   				if(x[i]==y[j]){
   					c[i][j]=c[i-1][j-1]+1;//如果元素相等，就讓最長公共子序列長度在上一個最長的長度基礎上+1
   					b[i][j]=1;//規定為1時，表示Xi和Yj的最長公共子序列是由Xi-1和Yj-1的
   					//最長公共子序列加上當前元素（即指向左上角）
   				}
   				else if(c[i-1][j]>c[i][j-1]){
   					c[i][j]=c[i-1][j];
   					b[i][j]=2;//規定為2時，表示Xi和Yj的最長公共子序列是由Xi-1和Yj的
   					//最長公共子序列相同（即指向左邊）
   				}
   				else{
   					c[i][j]=c[i][j-1];
   					b[i][j]=3;//規定為3時，表示Xi和Yj的最長公共子序列是由Xi和Y的
   					//最長公共子序列相同（即指向左邊）
   				}
   			}
   		return c[m][n];
   		
   	}
   public static void lcs(int i,int j,String []x,int [][]b){
   	if(i==0||j==0) return ;
   	if(b[i][j]==1){
   		lcs(i-1,j-1,x,b);
   		System.out.print(x[i]);
   	}
   	else if(b[i][j]==2)
   		lcs(i-1,j,x,b);
   	else
   		lcs(i,j-1,x,b);
   }
   }
    
   

如 上圖（這個圖是從其他地方找來的，不是我自己弄的），當b[i][j]=1時，往左上角（即最長公共子序列由左上角+1得到），其他類推

公共子序列不是集合，它與集合不同，它與原來序列的順序有關，誰在前誰在後