腦部MRI影象灰白質分割以及體積測量方法
一, 研究背景
腦組織形態學研究是臨床判斷腦組織的正常老化與病理過程的重要方法,近20年來,隨著醫學影像學的高速發展,臨床醫師對人體病變部位的觀察更直接、更便捷、更清晰,疾病的確診率也更高,使得腦組織形態學方法成為腦科疾病中重要的診斷方法。比如,通過人體小腦體積的變化來診斷癲癇、人體海馬體體積的變化來診斷帕金森(PD)或者阿爾茲海默(AD)等。本文主要以海馬體體積測量為例對現在的腦部體積測量方法進行說明。
二, 研究現狀
目前腦結構的體積測量分為兩大類,一類是基於解剖結構的體積測定法,分為手動、半自動和自動,另一類是基於體素的分析方法(voxel-based analysis,VBA);前者主要通過手動描繪組織結構測量體積,後者多由計算機完成。
1,手工測量海馬體積
手工測量海馬體積首先要依靠人工方法對海馬結構進行追蹤和分界,即由具有豐富解剖知識和經驗的神經解剖學專家、神經科醫生或經過專門訓練的操作者,在MR影象工作站上用滑鼠直接勾畫出海馬結構的邊界。人工分割海馬結構往往在垂直於海馬長軸的傾斜冠狀點陣圖像上逐層勾畫海馬結構的邊界,同時利用三維體積分析軟體在矢狀面、水平面上分辨海馬結構與周圍解剖結構間的關係,提高分割的準確性。在此過程中操作者的經驗和知識起著非常重要的作用。
手工測量海馬體積則主要是在上述基礎上使用二維測量方法,即單層面積與層厚相乘得出單層體積,逐層體積相加得出單側海馬的總體積。公式表達為:
一般海馬結構的人工勾畫和測量在工作站選配的軟體或專業軟體上進行,不僅可在冠狀面、矢狀面、水平面三個層面上同時顯示影象,而且可以自動得到所勾畫出的海馬感興趣區(ROI)的面積。由於以往統計學分析表明,海馬體積與顱腔體積呈直線相關的關係,所以通常測得的原始海馬體積還需進行標準化校正,以去除個體煩腔體積對海馬體積的影響。具體校正方法有相除法、協方差法以及Cendes法等。
由於長期以來人工分割海馬結構的精度在眾多方法中是最高的,因此人工測量海馬體積被普遍認為是金標準,也將其作為評價其它分割方法優良與否的參考。但是,手工劃界和描畫、測量是一個非常耗時費力的工作,而且非常依賴於評估者本人的經驗及解剖學知識,不同研究之間的一致性和可重複性往往不佳。對於大型研究或多中心研究而言,有限的時間、經費以及人力資源也使得手工描繪測量海馬體積難以完成。近年來隨著計算神經科學的發展,研究者們不斷開發新的軟體包,以達到機器自動分割並測量海馬體積的目的。而自動測量的方法不僅很高的重複性和評定者間一致性,而且效率顯著更高,在海馬體積的測量方面具有很大的發展潛力。
2. 自動測量海馬體積
近年來逐漸發展的海馬體積自動測量法大致可以分為半自動和全自動兩種,均可以得到海馬的絕對體積。在半自動方法中,仍需要由一名熟悉海馬結構的解剖學及影像學表現的人來提供先驗性的知識,如定義標誌點,種子點,或是邊界框等以進行海馬形態的初始化,同時選擇引數,隨後由機器自動進行單側海馬結構的整個影象分割與體積測量。而全自動的方法是基於統計學的形態模型,再向一個或多個腦圖譜所定義的腦區進行仿射或者非線性配準。通過腦圖譜與個體影象的匹配,可以把圖譜中儲存的資訊直接對映到待分割的影象中,實現一種全自動的“專家”(圖譜)指導下的影象匹配、分割。腦圖譜的配準也可以和其它一些方法相結合,如基於密度/強度的體素分類法,或者基於學習的優化選擇法等,可進一步提高配準的精度。在自動分割完成以後,再對個體全腦影象中的每一個體素進行神經解剖學方面的標記,從而計算腦區的體積。基於圖譜的海馬全自動匹配測量不需要專家的干預,由計算機控制,人為干擾因素少,使用起來非常方便,也便於不同研究間的比較。自動測量的方法由於可以得到海馬體積的絕對值,近年來得到了快速的發展。如知識導向的磁共振分析程式結合了畫素亮度強度與解剖結構的空間關係來進行海馬體積的測量;Ashton等提出的方法運用灰度值與邊緣檢測的演算法來判斷海馬體積;Webb等在1999年提出將個體磁共振影象向一個由三十個人組成的手工體積圖譜進行仿射和形變,再測海馬體積;Haller及其同事則運用一種高維液態轉化法來將個體磁共振影象對海馬及其周邊解剖結構的模板進行形變;還有shen等結合對海馬邊界的幾何學性質,正常形態變異的統計學特徵,以及人工定義邊界點等多種考慮,推出了名為HAMMER的彈性配准算法,來進行海馬結構的測量等等。上述方法均被證明在海馬體積測量方面有效,甚至有研究表明比手工測繪法的變異還要小。但是這些方法主要針對計算機與影像處理方法領域的專業人士,處理的步驟比較複雜,需要自己編寫命令和程式指令碼,因而沒有得到廣泛的臨床應用與推廣。此外,還有很多自動分析的方法並未公開提供使用,如Chupin等2007年發展的全自動的海馬分割法SACHA,專門用於海馬和杏仁核的分割,並在正常人以及阿爾茨海默病患者的資料中與手工分割法進行了比較,顯示了良好的效度。這一演算法主要基於BrainVisa平臺使用,但目前並未公開推廣。這些自動測量的方法的出現,標誌著結構神經影像學的新時代的來臨。
為了進一步方便使用,目前已有研究者整合了分割、配準、標記及測量等多種功能,開發出了多種具有圖形介面的,可自動測量腦結構體積的全自動分析軟體包,如FIRST,FreeSurfer與IBASPM等。FSL/FIRST與FreeSurfer軟體包均為整合的配準與分割工具包,可以提供通過基於腦圖譜的完全自動的腦皮質以及皮質下結構的分割,並最終計算並輸出所分割的腦結構的絕對體積。不過,FIRST與FreeSurfer軟體包需要在linux作業系統下使用,而且操作時要求熟練應用各種命令,對於使用者的計算機水平要求較高。IBASPM是另一種常用的全自動的腦體積測量工具,它基於軟體工具包來進行操作,其腦區的劃分是基於應廣泛的AAL腦圖譜,計算腦區體積同樣是對個體MRI全腦影象中的體素進行神經解剖學標記再進行計算。這一軟體可以在window系統中進行操作,儘管在其處理過程中要完成上百種演算法,如線性或非線性的空間校正,基於外觀的配準,密度不均勻性校正,分割,以及去顱骨等,但其使用者介面友好,處理步驟也相對較為簡便易行。
儘管現有多種複雜的半自動或全自動演算法可以分割並測量海馬體積,但目前已發表的比較全自動測量方法與手工方法的仍很少,中文文獻更是未見有相關報道,這使得在臨床應用這些工具進行腦解剖學定量分析時,缺乏可靠的文獻指導。最近幾年,國外開始有研究針對不同疾病人群的海馬體積測量,對於上述自動分割和體積測量軟體所測結果與手動測量的結果,以及各種自動分析軟體包之間的測量結果進行了比較發現儘管所得結果與手工分割方法所得結果顯示出了良好的一致性,但不同方法各有優劣,所得結果之間仍存在一定的差異,且在測量不同疾病人群時結論不一,各研究本身所用的技術指標也不一致。研究者由此提出,這些自動軟體的腦圖譜的組成來源,尤其是由健康人還是病人組成,會對於這些軟體包用於疾病群體或腦形態學方面存在差異的群體的測量結果產生明顯的影響此外,軟體包處理流程的差異,以及掃描影象質量,掃描引數,以及掃描的硬體不同都有可能使比較研究得到不同的結論。因此,在將這些軟體包應用於那些與原來效度研究所用的掃描引數或人口學特徵相差較大的人群時,重新進行效度的校驗與比較研究十分有必要。
3. 基於體素的海馬形態學(VBM)研究
隨著電腦科學的迅速發展和計算神經解剖學在神經科學領域的廣泛應用,研究者們也在不斷開發新方法來對各種神經精神疾病的患者進行橫斷面及縱向的腦結構研究。在這些方法當中,Ashburner和Friston等開發的基於體素的腦形態測量學方法(VBM)應用最為廣泛。VBM本質上是一種全自動處理的方法,它基於高解析度的空間標準化影象,通過逐個
體素的比較,來檢測組間個體腦灰質或白質區域性密度或體積的差異。由於VBM是在對於大腦形態的巨集觀判別進行檢測和校正以後,再判別灰質、白質、腦脊液等不同腦組織型別的局域性差異,其檢測敏感度較其它形態測量學方法更高,應用也更廣。
VBM與前述基於感興趣區法的手工或自動測量腦區體積的方法有一定的區別:它無需先驗假設,即分析不是基於某一特定結構,而是對全腦範圍內的解剖差異進行組間的相對公平和全面的比較。這一點對於神經精神疾病的臨床研究特別重要,因為ROI法需要對疾病有預先的結構病變區域假設,然後只對特定區域進行測量和研究,而大腦的其它部位的變異就相當於被忽略了,因而在進行臨床研究時容易得出假陽性結果和漏掉真正的病變區域。而VBM法對全腦範圍內的形態學變異均較敏感,在用於異質性較高的疾病群體時可首先了解全腦主要的腦形態學改變,再與各種腦圖譜庫結合,利用其定義的腦區為模板進行ROI的分析。除此之外,VBM軟體被整合入功能影像學最常用的SPM分析軟體的工具包中提供免費使用,還是一種對於大多數研究單位而言都能夠實現操作的軟體。
最初VBM法的資料預處理步驟包括標準化、分割、調製、平滑和統計分析。首先將個體的腦結構MRI影象標準化到同一個三維立體空間,校正腦區的總體形態差異,然後依據先驗的灰質、白質和腦脊液分佈概率的模板來分割腦實質並生成三種組織型別的影象,再對分割產生的影象進行空間平滑處理,減少噪聲和誤差,並提高統計分析的效力。效度研究表明,VBM法和ROI法均可檢測出相應腦區的結構異常,這兩種方法的研究結果在一定程度上可以相互映證。此外,根據標準化過程產生的雅可比行列式引數可以對分割影象的體素進行調製,調製前腦區的體素數值代表該體素所表示區域的密度差異,調整後則代表該體素所表示區域的的絕對體積。值得注意的是,VBM法是通過建立一般線性模型在體素水平進行統計分析,檢測出每個體素所代表的區域性區域的體積差異,並不能得到區域性區域的絕對體積,其結果解釋與ROI法檢測的整個腦區體積的差異應有所不同。
VBM是一款不斷推陳出新的軟體,後來又發展出了優化的VBM,以及統一分割法等新技術。前者的主要特點為可以定製基於研究樣本的模板,以及分別分割並標準化灰質和白質;後者主要是通過應用相同的模型進行組織分割、偏差校正和影象配準,解決優化的VBM法中組織分類和資料配準之間的迴圈問題。但上述所有技術均有一個主要的侷限:在將影象向一個通用的模板進行配準時,配準的誤差會導致一些錯誤的估計,而在空間標準化的步驟中對位不準會導致VBM對於系統的形態學差異比較敏感。
最近,Ashburner等推出了一種新的VBM分析技術——DARTEL工具, 有望顯著改善這一問題,實現更為精細和複雜的配準。演算法可以通過反覆迭代生成所有被試者灰質和白質的精準模板,而每個被試的影象多次配準到模板後形成的形變流場保留了這組被試的灰白質資訊,用此形變引數再進行標準化和調製處理,能更好的保留原始的組織體積,更精確地標準化到統一的MNI座標系統。DARTEL被認為是配準技術方面的一大進步,可以提供更為精準的腦結構損傷的定位,或在功能像啟用的定位時提供更為精準的結構像模板。不過,由於資料處理量非常大,VBM8-DARTEL比較耗時(尤其是在生成被試特異性的模板時),對於資料處理機器的記憶體要求也較高。
目前,VBM法已被廣泛地應用於各種神經精神疾病患者的腦形態學研究中。也有一些研究發現以VBM方法結合海馬感興趣區檢測所得的結果與專用於海馬體積測量的自動測量軟體所得結果是相近的,如,Bell-McGinty與Vasic分別運用VBM法進行了急性抑鬱期患者的海馬形態學研究,並報導了患者組和正常組之間的海馬密度/體積差異。Bergouignan等對抑鬱患者的研究則發現,運用VBM8-DARTE方法和多重比較的校正,在不同的腦區都有顯著的體積差異,結合ROI分析也發現了海馬的體積下降,其結果與手工及自動分割測量的結果是一致的。Pereira等對阿爾茨採默氏病患者的研究則也發現,經過預處理(去顱骨以及偏差校正)的DARTEL法,可以得到與手工測量一樣十分出色的分析結果。還有Mak等的研究發現,結合海馬-感興趣區與VBM的方法,可以很好地分辨AD患者與正常老年人的海馬體積差異,與手工海馬體積測量一樣具有很高的效力,他建議可以將這種方法當作AD的生物學標誌的確定方法,這Hirata及Teipei等學者的建議也是一致的。
但是,上述運用VBM方法所做的海馬體積研究,其所使用的軟體版本以及分割等預處理的策略,是否使用調製,平滑核大小如何,是否校正了個體的全腦體積,以及統計校正的型別及所使用的統計學閾值等等,均存在許多不一致。已有研究表明,在VBM分析中上述因素有可能會使分析的結果產生改變,甚至發生類似於生物學差異的改變,因此,在對於病理人群進行腦結構形態學研究時,比較不同的VBM程式、引數和分析方法,並以經典的測量方法進行參照進行效度檢驗,可以使我們對上述因素有更好的認識,進一步促進未來對於神經精神類疾病的臨床診斷與治療。
參考文獻:
1, 崔彩霞、周存河等 採用3.0T MRI對正常人腦體積定量測量研究
2, 崔曉瑞、董春波等 MRI腦體積測量技術早期診斷多系統萎縮的研究進展
3, 張琨、陳楠等 基於高分辨力MRI的正常中國成人小腦體積測量
4, 王曉晟 人腦海馬體積測量及其在精神疾病中的應用
腦部各區域體積測量方法研究
一, 研究背景
腦組織形態學研究是臨床判斷腦組織的正常老化與病理過程的重要方法,近20年來,隨著醫學影像學的高速發展,臨床醫師對人體病變部位的觀察更直接、更便捷、更清晰,疾病的確診率也更高,使得腦組織形態學方法成為腦科疾病中重要的診斷方法。比如,通過人體小腦體積的變化來診斷癲癇、人體海馬體體積的變化來診斷帕金森(PD)或者阿爾茲海默(AD)等。本文主要以海馬體體積測量為例對現在的腦部體積測量方法進行說明。
二, 研究現狀
目前腦結構的體積測量分為兩大類,一類是基於解剖結構的體積測定法,分為手動、半自動和自動,另一類是基於體素的分析方法(voxel-based analysis,VBA);前者主要通過手動描繪組織結構測量體積,後者多由計算機完成。
1,手工測量海馬體積
手工測量海馬體積首先要依靠人工方法對海馬結構進行追蹤和分界,即由具有豐富解剖知識和經驗的神經解剖學專家、神經科醫生或經過專門訓練的操作者,在MR影象工作站上用滑鼠直接勾畫出海馬結構的邊界。人工分割海馬結構往往在垂直於海馬長軸的傾斜冠狀點陣圖像上逐層勾畫海馬結構的邊界,同時利用三維體積分析軟體在矢狀面、水平面上分辨海馬結構與周圍解剖結構間的關係,提高分割的準確性。在此過程中操作者的經驗和知識起著非常重要的作用。
手工測量海馬體積則主要是在上述基礎上使用二維測量方法,即單層面積與層厚相乘得出單層體積,逐層體積相加得出單側海馬的總體積。公式表達為:
一般海馬結構的人工勾畫和測量在工作站選配的軟體或專業軟體上進行,不僅可在冠狀面、矢狀面、水平面三個層面上同時顯示影象,而且可以自動得到所勾畫出的海馬感興趣區(ROI)的面積。由於以往統計學分析表明,海馬體積與顱腔體積呈直線相關的關係,所以通常測得的原始海馬體積還需進行標準化校正,以去除個體煩腔體積對海馬體積的影響。具體校正方法有相除法、協方差法以及Cendes法等。
由於長期以來人工分割海馬結構的精度在眾多方法中是最高的,因此人工測量海馬體積被普遍認為是金標準,也將其作為評價其它分割方法優良與否的參考。但是,手工劃界和描畫、測量是一個非常耗時費力的工作,而且非常依賴於評估者本人的經驗及解剖學知識,不同研究之間的一致性和可重複性往往不佳。對於大型研究或多中心研究而言,有限的時間、經費以及人力資源也使得手工描繪測量海馬體積難以完成。近年來隨著計算神經科學的發展,研究者們不斷開發新的軟體包,以達到機器自動分割並測量海馬體積的目的。而自動測量的方法不僅很高的重複性和評定者間一致性,而且效率顯著更高,在海馬體積的測量方面具有很大的發展潛力。
2. 自動測量海馬體積
近年來逐漸發展的海馬體積自動測量法大致可以分為半自動和全自動兩種,均可以得到海馬的絕對體積。在半自動方法中,仍需要由一名熟悉海馬結構的解剖學及影像學表現的人來提供先驗性的知識,如定義標誌點,種子點,或是邊界框等以進行海馬形態的初始化,同時選擇引數,隨後由機器自動進行單側海馬結構的整個影象分割與體積測量。而全自動的方法是基於統計學的形態模型,再向一個或多個腦圖譜所定義的腦區進行仿射或者非線性配準。通過腦圖譜與個體影象的匹配,可以把圖譜中儲存的資訊直接對映到待分割的影象中,實現一種全自動的“專家”(圖譜)指導下的影象匹配、分割。腦圖譜的配準也可以和其它一些方法相結合,如基於密度/強度的體素分類法,或者基於學習的優化選擇法等,可進一步提高配準的精度。在自動分割完成以後,再對個體全腦影象中的每一個體素進行神經解剖學方面的標記,從而計算腦區的體積。基於圖譜的海馬全自動匹配測量不需要專家的干預,由計算機控制,人為干擾因素少,使用起來非常方便,也便於不同研究間的比較。自動測量的方法由於可以得到海馬體積的絕對值,近年來得到了快速的發展。如知識導向的磁共振分析程式結合了畫素亮度強度與解剖結構的空間關係來進行海馬體積的測量;Ashton等提出的方法運用灰度值與邊緣檢測的演算法來判斷海馬體積;Webb等在1999年提出將個體磁共振影象向一個由三十個人組成的手工體積圖譜進行仿射和形變,再測海馬體積;Haller及其同事則運用一種高維液態轉化法來將個體磁共振影象對海馬及其周邊解剖結構的模板進行形變;還有shen等結合對海馬邊界的幾何學性質,正常形態變異的統計學特徵,以及人工定義邊界點等多種考慮,推出了名為HAMMER的彈性配准算法,來進行海馬結構的測量等等。上述方法均被證明在海馬體積測量方面有效,甚至有研究表明比手工測繪法的變異還要小。但是這些方法主要針對計算機與影像處理方法領域的專業人士,處理的步驟比較複雜,需要自己編寫命令和程式指令碼,因而沒有得到廣泛的臨床應用與推廣。此外,還有很多自動分析的方法並未公開提供使用,如Chupin等2007年發展的全自動的海馬分割法SACHA,專門用於海馬和杏仁核的分割,並在正常人以及阿爾茨海默病患者的資料中與手工分割法進行了比較,顯示了良好的效度。這一演算法主要基於BrainVisa平臺使用,但目前並未公開推廣。這些自動測量的方法的出現,標誌著結構神經影像學的新時代的來臨。
為了進一步方便使用,目前已有研究者整合了分割、配準、標記及測量等多種功能,開發出了多種具有圖形介面的,可自動測量腦結構體積的全自動分析軟體包,如FIRST,FreeSurfer與IBASPM等。FSL/FIRST與FreeSurfer軟體包均為整合的配準與分割工具包,可以提供通過基於腦圖譜的完全自動的腦皮質以及皮質下結構的分割,並最終計算並輸出所分割的腦結構的絕對體積。不過,FIRST與FreeSurfer軟體包需要在linux作業系統下使用,而且操作時要求熟練應用各種命令,對於使用者的計算機水平要求較高。IBASPM是另一種常用的全自動的腦體積測量工具,它基於軟體工具包來進行操作,其腦區的劃分是基於應廣泛的AAL腦圖譜,計算腦區體積同樣是對個體MRI全腦影象中的體素進行神經解剖學標記再進行計算。這一軟體可以在window系統中進行操作,儘管在其處理過程中要完成上百種演算法,如線性或非線性的空間校正,基於外觀的配準,密度不均勻性校正,分割,以及去顱骨等,但其使用者介面友好,處理步驟也相對較為簡便易行。
儘管現有多種複雜的半自動或全自動演算法可以分割並測量海馬體積,但目前已發表的比較全自動測量方法與手工方法的仍很少,中文文獻更是未見有相關報道,這使得在臨床應用這些工具進行腦解剖學定量分析時,缺乏可靠的文獻指導。最近幾年,國外開始有研究針對不同疾病人群的海馬體積測量,對於上述自動分割和體積測量軟體所測結果與手動測量的結果,以及各種自動分析軟體包之間的測量結果進行了比較發現儘管所得結果與手工分割方法所得結果顯示出了良好的一致性,但不同方法各有優劣,所得結果之間仍存在一定的差異,且在測量不同疾病人群時結論不一,各研究本身所用的技術指標也不一致。研究者由此提出,這些自動軟體的腦圖譜的組成來源,尤其是由健康人還是病人組成,會對於這些軟體包用於疾病群體或腦形態學方面存在差異的群體的測量結果產生明顯的影響此外,軟體包處理流程的差異,以及掃描影象質量,掃描引數,以及掃描的硬體不同都有可能使比較研究得到不同的結論。因此,在將這些軟體包應用於那些與原來效度研究所用的掃描引數或人口學特徵相差較大的人群時,重新進行效度的校驗與比較研究十分有必要。
3. 基於體素的海馬形態學(VBM)研究
隨著電腦科學的迅速發展和計算神經解剖學在神經科學領域的廣泛應用,研究者們也在不斷開發新方法來對各種神經精神疾病的患者進行橫斷面及縱向的腦結構研究。在這些方法當中,Ashburner和Friston等開發的基於體素的腦形態測量學方法(VBM)應用最為廣泛。VBM本質上是一種全自動處理的方法,它基於高解析度的空間標準化影象,通過逐個
體素的比較,來檢測組間個體腦灰質或白質區域性密度或體積的差異。由於VBM是在對於大腦形態的巨集觀判別進行檢測和校正以後,再判別灰質、白質、腦脊液等不同腦組織型別的局域性差異,其檢測敏感度較其它形態測量學方法更高,應用也更廣。
VBM與前述基於感興趣區法的手工或自動測量腦區體積的方法有一定的區別:它無需先驗假設,即分析不是基於某一特定結構,而是對全腦範圍內的解剖差異進行組間的相對公平和全面的比較。這一點對於神經精神疾病的臨床研究特別重要,因為ROI法需要對疾病有預先的結構病變區域假設,然後只對特定區域進行測量和研究,而大腦的其它部位的變異就相當於被忽略了,因而在進行臨床研究時容易得出假陽性結果和漏掉真正的病變區域。而VBM法對全腦範圍內的形態學變異均較敏感,在用於異質性較高的疾病群體時可首先了解全腦主要的腦形態學改變,再與各種腦圖譜庫結合,利用其定義的腦區為模板進行ROI的分析。除此之外,VBM軟體被整合入功能影像學最常用的SPM分析軟體的工具包中提供免費使用,還是一種對於大多數研究單位而言都能夠實現操作的軟體。
最初VBM法的資料預處理步驟包括標準化、分割、調製、平滑和統計分析。首先將個體的腦結構MRI影象標準化到同一個三維立體空間,校正腦區的總體形態差異,然後依據先驗的灰質、白質和腦脊液分佈概率的模板來分割腦實質並生成三種組織型別的影象,再對分割產生的影象進行空間平滑處理,減少噪聲和誤差,並提高統計分析的效力。效度研究表明,VBM法和ROI法均可檢測出相應腦區的結構異常,這兩種方法的研究結果在一定程度上可以相互映證。此外,根據標準化過程產生的雅可比行列式引數可以對分割影象的體素進行調製,調製前腦區的體素數值代表該體素所表示區域的密度差異,調整後則代表該體素所表示區域的的絕對體積。值得注意的是,VBM法是通過建立一般線性模型在體素水平進行統計分析,檢測出每個體素所代表的區域性區域的體積差異,並不能得到區域性區域的絕對體積,其結果解釋與ROI法檢測的整個腦區體積的差異應有所不同。
VBM是一款不斷推陳出新的軟體,後來又發展出了優化的VBM,以及統一分割法等新技術。前者的主要特點為可以定製基於研究樣本的模板,以及分別分割並標準化灰質和白質;後者主要是通過應用相同的模型進行組織分割、偏差校正和影象配準,解決優化的VBM法中組織分類和資料配準之間的迴圈問題。但上述所有技術均有一個主要的侷限:在將影象向一個通用的模板進行配準時,配準的誤差會導致一些錯誤的估計,而在空間標準化的步驟中對位不準會導致VBM對於系統的形態學差異比較敏感。
最近,Ashburner等推出了一種新的VBM分析技術——DARTEL工具, 有望顯著改善這一問題,實現更為精細和複雜的配準。演算法可以通過反覆迭代生成所有被試者灰質和白質的精準模板,而每個被試的影象多次配準到模板後形成的形變流場保留了這組被試的灰白質資訊,用此形變引數再進行標準化和調製處理,能更好的保留原始的組織體積,更精確地標準化到統一的MNI座標系統。DARTEL被認為是配準技術方面的一大進步,可以提供更為精準的腦結構損傷的定位,或在功能像啟用的定位時提供更為精準的結構像模板。不過,由於資料處理量非常大,VBM8-DARTEL比較耗時(尤其是在生成被試特異性的模板時),對於資料處理機器的記憶體要求也較高。
目前,VBM法已被廣泛地應用於各種神經精神疾病患者的腦形態學研究中。也有一些研究發現以VBM方法結合海馬感興趣區檢測所得的結果與專用於海馬體積測量的自動測量軟體所得結果是相近的,如,Bell-McGinty與Vasic分別運用VBM法進行了急性抑鬱期患者的海馬形態學研究,並報導了患者組和正常組之間的海馬密度/體積差異。Bergouignan等對抑鬱患者的研究則發現,運用VBM8-DARTE方法和多重比較的校正,在不同的腦區都有顯著的體積差異,結合ROI分析也發現了海馬的體積下降,其結果與手工及自動分割測量的結果是一致的。Pereira等對阿爾茨採默氏病患者的研究則也發現,經過預處理(去顱骨以及偏差校正)的DARTEL法,可以得到與手工測量一樣十分出色的分析結果。還有Mak等的研究發現,結合海馬-感興趣區與VBM的方法,可以很好地分辨AD患者與正常老年人的海馬體積差異,與手工海馬體積測量一樣具有很高的效力,他建議可以將這種方法當作AD的生物學標誌的確定方法,這Hirata及Teipei等學者的建議也是一致的。
但是,上述運用VBM方法所做的海馬體積研究,其所使用的軟體版本以及分割等預處理的策略,是否使用調製,平滑核大小如何,是否校正了個體的全腦體積,以及統計校正的型別及所使用的統計學閾值等等,均存在許多不一致。已有研究表明,在VBM分析中上述因素有可能會使分析的結果產生改變,甚至發生類似於生物學差異的改變,因此,在對於病理人群進行腦結構形態學研究時,比較不同的VBM程式、引數和分析方法,並以經典的測量方法進行參照進行效度檢驗,可以使我們對上述因素有更好的認識,進一步促進未來對於神經精神類疾病的臨床診斷與治療。
參考文獻:
1, 崔彩霞、周存河等 採用3.0T MRI對正常人腦體積定量測量研究
2, 崔曉瑞、董春波等 MRI腦體積測量技術早期診斷多系統萎縮的研究進展
3, 張琨、陳楠等 基於高分辨力MRI的正常中國成人小腦體積測量
4, 王曉晟 人腦海馬體積測量及其在精神疾病中的應用
相關推薦
腦部MRI影象灰白質分割以及體積測量方法
一, 研究背景腦組織形態學研究是臨床判斷腦組織的正常老化與病理過程的重要方法,近20年來,隨著醫學影像學的高速發展,臨床醫師對人體病變部位的觀察更直接、更便捷、更清晰,疾病的確診率也更高,使得腦組織形態學方法成為腦科疾病中重要的診斷方法。比如,通過人體小腦體積的變化來診斷癲癇
深度學習(七)U-Net原理以及keras程式碼實現醫學影象眼球血管分割
原文作者:aircraft 原文連結:https://www.cnblogs.com/DOMLX/p/9780786.html 全卷積神經網路 醫學影象分割框架 醫學影象分割主要有兩種框架,一個是基於CNN的,另一個就是基於FCN的。這裡都是通過網路來進行語義分割。 那麼什麼是語義分割?可
深度學習(4)——強度非均勻性下影象分割的水平集方法及其在MRI中的應用(上)
強度非均勻性下影象分割的水平集方法及其在MRI中的應用 摘要 強度不均勻性經常出現在真實世界的影象中,這對影象分割提出了相當大的挑戰。最廣泛使用的影象分割演算法是基於區域並且通常依賴於感興趣區域中影象強度的均勻性,這通常由於強度不均勻性而不能提供準確
影象語義分割的概念與原理以及常用的方法
1影象語義分割的概念 1.1影象語義分割的概念與原理 影象語義分割可以說是影象理解的基石性技術,在自動駕駛系統(具體為街景識別與理解)、無人機應用(著陸點判斷)以及穿戴式裝置應用中舉足輕重。我們都知道,影象是由許多畫素(Pixel)組成,而「語義分割」顧名思義就
VC++6.0進行數字影象處理的步驟以及遇到的問題
1) 2) 3)  
iOS上傳影象到伺服器,以及伺服器PHP接收的幾種方法
iOS上傳影象到伺服器,以及伺服器PHP接收的幾種方法 1. 將圖片轉換為Base64編碼,POST上傳。PHP將Base64解碼為二進位制,再寫出檔案。缺點:不能上傳較大的圖片 // iOS(Swift) func upload(image: UIImage, url: S
MRI影象轉格式
1.資料來源及格式 西門子/GE:DICOM 飛利浦: PAR/REC 根據主流儀器西門子和GE產生的資料格式,因此DICOM格式比較多,本文只作此介紹: 如圖示,原始型別DICOM以及轉格式後的3D,4D檔案由標頭檔案和影像組成,其中4D是指一條時間軸上的所有
影象bayer格式介紹以及bayer插值原理CFA
1 影象bayer格式介紹 bayer格式圖片是伊士曼·柯達公司科學家Bryce Bayer發明的,Bryce Bayer所發明的拜耳陣列被廣泛運用數字影象。 對於彩色影象,需要採集多種最基本的顏色,如rgb三種顏色,最簡單的方法就是用濾鏡的方法,紅色的濾鏡透過紅色的波長,綠色的濾鏡透過綠色的波長,藍
應用中的影象識別:為什麼以及如何使用
目錄 介紹 背景 Firebase ML Kit是什麼及它如何工作 如何將影象識別整合到應用程式中 讓我們總結一下 為什麼以及如何在應用中使用影象識別 介紹 從旅遊到物流,從醫療保健到電子商務,影象識別現在越來越常用。仍然認為這些技術僅適用於“大玩家”?閱讀如
影象處理之分割影象
我們在處理影象的時候,常常需要將影象的前景和背景做不同的處理,這時需要將前景和背景分割開。關於影象分割的方法我知道的有三種方法:K-means、分水嶺和GrabCut演算法進行物體分割。不能夠肯定的比較出誰優誰劣,各種演算法是分各種場合以及設定引數的優化。在此,只是簡單介紹
【OpenGL】遊戲程式設計常用TGA影象格式詳解以及載入紋理程式設計實現
TGA格式影象是遊戲中十分常見的一種影象格式,所以有必要了解其內部格式以及程式設計實現。 TGA影象一般有非壓縮和壓縮兩種格式,下面分別進行介紹。 一、非壓縮TGA影象 注:前面的標記綠色的部分(共12位元組)表示對於所有的非壓縮TGA格式影象值都是相同的!所以通常用來
CompNet:腦MRI提取的互補分割網路
CompNet:腦MRI提取的互補分割網路 腦提取是大多數腦成像研究的基本步驟。在本文中,我們研究了顱骨剝離的問題,並提出了互補分割網路(CompNets),以準確地從正常和病理腦影象的T1加權MRI掃描中提取大腦。所提出的網路是在編碼器 - 解碼器網路的框架中設計的,並且具有兩種途徑來學習來自
求一個數的質因子以及尤拉函式
求一個數的質因子 程式碼:#include<stdio.h> int main() { long long a[100],num,i,n; while(~scanf("%I64d",&n)) { num=0;
Halcon中使用OCR時字元的分割以及字元粘連的處理方法
字元的分割是指在原圖中將字元分割為單個的字元區域。這樣,這些單個的字元才能被當作字元樣本來訓練分類器。因此,樣本字元分割的好壞很大程度上影響mlp分類器的分類效果。 那麼,怎樣才能判斷自己的字元分割是好的呢?標準是:字元不要有因干擾導致的洞孔。建議的字
影象區域性與分割(一)
OpenCV中的取樣函式cvInitLineIterator()和CV_NEXT_LINE_POINT(),可以很容易對任意直線上的畫素進行取樣。 CVAPI(int) cvInitLineIterator(const CvArr* image,CvPoint pt1
【影象輪廓與分割二】
一:內容介紹 本節主要介紹OpenCV的imgproc模組的影象輪廓與分割部分: 1. 查詢並繪製輪廓 2. 尋找物體的凸包 3. 使用多邊形將輪廓包圍 4. 影象的矩 5. 分水嶺演算法 6. 影象修補 二:學習筆記 1. findContours()函式查詢影象輪廓和canny檢測邊緣、houg
影象語義分割(12)-重新思考空洞卷積: 為弱監督和半監督語義分割設計的簡捷方法
論文地址 :Revisiting Dilated Convolution: A Simple Approach for Weakly- and Semi- Supervised Semantic Segmentation 1. 摘要 儘管弱監督分割方法的精度有所提升,但是和全
字串和陣列的分割 以及 字串和陣列的相互轉換
一、將 $str="Hi I'm dutian"; 以空格分割,並放到陣列中$str = "Hi I'm dutian"; $arr = explode(" ",$str); print_R($arr); 二、將 $arr = array("Hi I'm dutian");
openCV實現影象的輪廓檢測以及外接矩形
前兩篇博文分別介紹了影象的邊緣檢測和輪廓檢測,本文接著介紹影象的輪廓檢測和輪廓外接矩形: 一、程式碼部分: // extract_contours.cpp : 定義控制檯應用程式的入口點。 // #include "stdafx.h" #include&
Matlab實現影象閾值分割
使用matlab實現閾值分割,實現兩種方法,一是人工選擇閾值進行分割,而是自動選擇閾值進行分割。 操作步驟 1、 開啟Matlab內容自帶的coins.png影象。 2、 觀察它的直方圖。