small RNA seq篩選reads長度
small RNA seq篩選reads長度,以篩選18~25 nt為例
python
fw = open('out', 'w') with open('inp', 'r') as fr: content = fr.readlines() for i in range((len(content) + 1)/4): site = 4 * i if 16 < len(content[1 + site]) < 25: #保留長度大於17,小於26的reads fw.write(content[0 + site] + content[1 + site] + content[2 + site] + content[3 + site].strip() + '\n')
相關推薦
small RNA seq篩選reads長度
small RNA seq篩選reads長度,以篩選18~25 nt為例 python fw = open('out', 'w') with open('inp', 'r') as fr: content = fr.readlines() for i i
xgene:之ROC曲線、ctDNA、small-RNA seq、甲基化seq、單細胞DNA, mRNA
會有 模板 pat 活動 fff 1.5 科學家 因子 染色 靈敏度高 == 假陰性率低,即漏檢率低,即有病人卻沒有發現出來的概率低。 用於判斷:有一部分人患有一種疾病,某種檢驗方法可以在人群中檢出多少個病人來。 特異性高 == 假陽性率低,即錯把健康判定為病人的概率低
xgene:WGS,突變與癌,RNA-seq,WES
屬性 利用 方法 ger 可變 對比 個推 比例 建庫 人類全基因組測序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆蓋深度以後,來確認SNP信息,就相當可靠了。 一個普通黃種人的基因組,與hg19這個參考基因組序列相
RNA-Seq分析軟件HTSeq的安裝
ins 方法 ack color channel conda cond 命令 快捷 1.本人剛開始安裝的時候,先下載相關的軟件包,然後安裝installtion中的方法安裝, 運行的時候老是報錯。根據錯誤提示安裝解決方法。也參考了其他的筆友的一些建議, 發現特別麻煩,後來
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 計算對比
cit 3.3 style fun per 常用 eight mage 對比 在分析了若幹轉錄組之後發現,處理數據的時候最重要的不是技巧多麽絢麗,你調包的能力有多麽強。而是把基本的概念特別是統計和數學上的方法咬爛嚼吐,才是真正理解和掌握了分析數據的底層原理: 在RNA-Se
一次rna-seq的過程-知乎live轉
生成 trim 顯示 百分比 sheng id號 通用 cat clas 數據分析流程 來自知乎孟浩巍的“快速入門生物信息學的”Live,超棒的~ 首先是質控部分,使用fastqc進行對結果分析。 對於Illumia二代測序的結果質控包括兩個方面,去掉測序質量不好的序列
RNA-seq流程需要進化啦!
RNA-seq流程需要進化啦! Posted on 2015年9月25日 Tophat 首次被髮表已經是6年前 Cufflinks也是五年前的事情了 Star的比對速度是tophat的50倍,hisat更是star的1.2倍。 stringTie的組裝速度是cufflin
De novo RNA-Seq Assembly Using De Bruijn Graphs
De novo RNA-Seq Assembly Using De Bruijn Graphs 2017-06-12 09:42:47 59 0 &nbs
轉錄組分析綜述A survey of best practices for RNA-seq data analysis
轉錄組分析綜述 轉錄組 文獻解讀 Trinity cufflinks 轉錄組研究綜述文章解讀 今天介紹下小編最近閱讀的關於RNA-seq分析的文章,文章發在Genome Biology 上的A survey of
RNA-seq資料綜合分析教程 AKAP95
RNA-seq資料綜合分析教程 2 4,055 A+ 所屬分類: Transcriptomics 收 &nbs
如何通過RNA-Seq瞭解轉錄本的結構
[轉載]如何通過RNA-Seq瞭解轉錄本的結構 已有 1942 次閱讀 2014-12-26 15:22 |個人分類:轉錄組測序|系統分類:科研筆記|關鍵詞:RNA-Seq,轉錄組測序,轉錄本結構| RNA-seq, 轉錄組測序, 轉錄本結構&nbs
什麼是RNA-Seq (RNA Sequencing)
什麼是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨著ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們瞭解生物資訊的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術
RNA-seq要做幾次生物學重複?找出來的100%都是真正的應答基因
尹師妹:“哈師兄,做驗證實驗好辛苦,老闆讓我提高篩選差異基因的條件,儘量降低假陽性,我該怎麼篩?” 小哈開啟Evernote,給尹師妹看張表: “瞧見那個100%了嗎?30 million mapped reads的情況下,10次重複,2倍篩選條件,Statistical power1
RNA-seq中的基因表達量計算和表達差異分析
RNA-seq中的基因表達量計算和表達差異分析 差異分析的步驟:1)比對;2) read count計算;3) read count的歸一化;4)差異表達分析; 背景知識:1)比對:普通比對: BWA,SOAP開大GAP比對:Tophat(Bowtie2);2) Read count(多重比對的問題):丟
RNA-seq流程報告
一、摘要 實驗旨在瞭解RNA-seq的基本原理。通過模仿文獻《Targeting super enhancer associated oncogenes in oesophageal squamous ce
RNA-seq 資料檔案處理
http://www.fungenomics.com/article/30 【專題】基因組學技術專題(二)—— 為什麼說FPKM/RPKM是錯的 下載資料 wget是linux下一個從網路上自動下載檔案的常用自由工具。它支援HTTP,HTTPS和FTP協議,可以使用HTTP代理。一般的使用方法是:
利用R語言對RNA-Seq進行探索分析與差異表達分析
介紹 本文參考 bioconductor 中RNA-Seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression並對其根據需要進行了增減。 試驗資料 資料
RNA-seq與miRNA-seq聯合分析
RNA-seq miRNA-seq聯合分析 背景知識 肝癌細胞經常會入侵門靜脈系統,從而導致門靜脈癌栓,但是還沒有一個詳盡的研究來討論其中的作用機制,因此需要對肝癌組織(tumor),門靜脈組織(PVTT),癌旁組織(normal)進行取樣分析。 資料來源 資料來源於201
RNA提取和建庫流程對mRNA-Seq的影響
RNA提取和建庫流程對mRNA-Seq的影響 已有 10460 次閱讀 2014-8-14 14:21 |個人分類:轉錄組測序|系統分類:科研筆記|關鍵詞:轉錄組測序,RNA-Seq,,鏈特異性RNA-Seq,轉錄組文庫構建,總RNA提取| RNA-seq,
HTTP錯誤404.13 - Not Found 請求篩選模塊被配置為拒絕超過請求內容長度的請求
分享圖片 block log 上傳文件 quest 屬性設置 lse www title HTTP錯誤404.13 - Not Found 請求篩選模塊被配置為拒絕超過請求內容長度的請求,原因是Web服務器上的請求篩選被配置為拒絕該請求,因為內容長度超過配置的值(IIS