生物資訊通識技術研討會
易生信系列課程 轉錄組
,ChIP-seq
,擴增子
和巨集基因組
是從原始資料到分析結果的理論加實戰型課程,課程安排內容飽滿,時間緊張,是學習專業生信分析和解決實際問題的首選課程。這些課程適合零基礎或者有一定分析經驗的朋友學習,但都需要後續加強練習,基礎越好,學的效果越好。不管什麼課程,只想著靠3天就能學會,是不現實的 (基礎好除外)。我們是希望通過3天時間,把整個分析過程和我們的分析經驗糅合在一起,帶領大家走一遍,節省需要自己摸索半年甚至多年的時間,後續再輔以視訊和我們提供的全套流程指令碼練習,1-2個月掌握問題不大。
作為對系列課程的補充,我們這次推出生物資訊通識課,包含常見組學技術的原理、應用和概念,R語言基礎,Windows下使用Linux命令快速提取資料和準備繪圖所需的檔案,常見組學圖形的解讀和繪製等,希望能為實驗生物學家瞭解生信和生信初學者提供一個快速通道。
課程涉及主要內容如下:
每節課1小時一個主題,理論結合實戰,學懂原理,實戰實操,全是老司機多年經驗和程式碼的無私分享。下面是課程安排,如11代表第一天第一節課,26代表第二天第六節課,(實際上課會有調整,理論和實戰穿插調和)41為兩週後的線上集中視訊答疑。
編號 | 主題 | 簡介 |
---|---|---|
11 | 生物資訊是什麼 | 能解決哪些問題,有哪些應用 |
12 | 高通量技術概述 | 高通量測序應用的種類、概念、原理和用途介紹 |
13 | 不同代次高通量測序技術 | 原理和優缺點 |
14 | 組學和生物調控 | 案例解析 |
15 | 擴增子和巨集基因組 | 基本概念和應用 |
16 | 擴增子和巨集基因組 | 基本分析思路和圖表解讀 |
17 | 常見資料庫使用介紹 | 多組學分析 |
21 | 繪製miRNA、基因、轉錄因子調控網路,菌群共存 | 公共資料庫獲取資料轉換格式,文獻挖掘 |
22 | KEGG/Reactome/GO通路圖表達屬性視覺化 | Cytoscape,模式和非模式生物 |
23 | R語言基礎知識 | 資料讀取轉換 |
24 | R語言繪製常見圖形 | 見圖 |
25 | R語言繪製常見圖形 | 見圖 |
26 | 繪製常見圖形和排版 | 可自己提需求 |
27 | 分組、時間序列和數量性狀GSEA | 原理、操作和結果解讀 |
31 | Linux基礎操作 | 常用命令解析,windows下操作 |
32 | Linux軟體安裝 | 伺服器操作 |
33 | Sed,awk操作 | ID轉換、檔案格式轉換 |
34 | Linux命令練習 | 準備常見繪圖所需檔案 |
35 | WGCNA基因共表達分析 | 表型關聯 |
36 | 考試、圓桌論壇 | 自評學習效果、知識點回顧 |
41 | 答疑-線上 | 答疑、考試內容串講 |
生物資訊基本知識和概念
- 生物資訊是什麼,能解決哪些問題,有哪些應用
- 高通量測序有哪些型別和應用,smRNA-seq,RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C,scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多為解決特定問題而生的技術。
- 不同代次高通量測序技術的原理和優缺點
- 從細胞和DNA結構闡釋生信在解析生物分子調控中的應用
- 其它您想了解的生信知識 (可報名時提出,也可現場提出)
- CNS多組學文章2篇解讀 (轉錄組、表觀修飾組和突變組)
- CNS常見生物資訊圖形含義解讀、適用範圍和線上繪製
擴增子和巨集基因組
- 擴增子和巨集基因組研究基本概念
- 擴增子和巨集基因組研究基本分析思路
- 擴增子和巨集基因組研究圖示解讀
- 微生物物種和功能組成CNS文章套路解讀
常見分析和圖形繪製
- 利用常見資料庫挖掘基因的功能、表達模式和互作蛋白
- 從線上資料庫獲取細胞型別特異高表達的基因
- 線上資料庫挖掘基因的轉錄因子調控資訊和表觀修飾資訊
- Cytoscape繪製網路圖
- Cytoscape繪製KEGG/Reactome通路圖並進行表達屬性視覺化
- Cytoscape繪製轉錄調控網路和蛋白蛋白互作網路
- Cytoscape進行GO富集分析和視覺化
- Cytoscape進行文獻挖掘,探索基因功能
- GSEA本地軟體使用和結果解讀
- 其它軟體後續補充
- 線上繪圖工具介紹
- 文章發表圖的修改和排版
- R語言資料處理和繪圖入門
多組學資料分析
- 線上基因組瀏覽器載入公共資料解析多組學資料, 聯合釋出的轉錄組、表觀修飾和三維結構資料查詢基因的調控關係.
生信Linux基礎
- 生信軟體安裝基本概念和操作
- 生信Linux基礎學習
- 在windows下如何利用簡單命令轉換檔案格式,提取序列,ID匹配,為常用軟體提供資料輸入格式等
- 生信分析軟體舉例和適用範圍介紹
當然,以上列出的也只是一部分內容,更多的還希望各位朋友踴躍提出,定製專屬課程。
(如果基礎薄弱,報名付款成功後,可免費領取基礎程式課,做好準備工作, 讓程式成為我們的得力工具而不是學習新知識的絆腳石。)
往期精彩回顧
主講教師
陳同,博士,2015畢業於中科院遺傳與發育生物學研究所,生物資訊專業博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平雜誌以第一作者或主要作者發表文章,運營有數萬人關注的《生信寶典》微信公眾號,給你不一樣的學習生信體驗。
劉永鑫,博士。2008年畢業於東北農大微生物學專業。2014年中科院遺傳發育所獲生物資訊學博士學位,2016年博士後出站留所工作,任巨集基因組學實驗室工程師,目前主要研究方向為巨集基因組學資料分析與可重複計算。發表論文10餘篇,SCI收錄7篇。2017年7月創辦“巨集基因組”公眾號,目前分享巨集基因組、擴增子原創文章185篇,關注人數2.3萬人,累計閱讀近300萬次。
助教團隊
十餘名中國科學院、清華、北大博士(含在讀),輪值講師和助教,輔助學員學習和矯正培訓過程中不足的點。
授課模式
本課程以講解流程和實際操作為主,採用獨創四段式教學,封裝好的程式碼全部分享,隨處可用:
- 第一階段 3天集中授課;
- 第二階段 自行練習2周;
- 第三階段 線上直播答疑;
- 第四階段 培訓視訊繼續學習;
- 實現教-練-答-用四個環節的統一協調。
培訓時間
生物資訊通識培訓課程
2018-12-14 到 2018-12-16 (線下講解實戰)
每天早9點到晚6點,半封閉式教學 (最後1小時為集中討論時間,最後一天會稍微提前一些,多留出時間討論,也方便老師乘車返回)
報到時間:提前一天或者當天都可以
授課地點
北京市西城區鼓樓明德大廈 (北京市舊鼓樓大街47號院2號樓2010)。
課程價格
- 截止 2018-12-8 4199 元/人
- 名額有限,每次課程報名滿40人後自動關閉報名通道
- 提供易漢博基因科技實習機會或工作機會
- 課程連報有優惠,具體見報名網站
課程福利
- 座位按報名並繳費或預付款成功順序從前到後龍擺尾式排序
- 贈送程式基礎課和對應課程往期視訊課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
- 多人 (N,10>N>1) 組團報名並同時繳費,每人還可減免N-1百元 (最高500)
- 贈送金士頓U盤一個(32G含培訓資料和指令碼)
- 附推薦語分享對應的招生資訊到朋友圈,截圖發到[email protected] 可獲得200元生信寶典騰訊課堂課程優惠券(可拆分供多個課程使用)
注意事項 *
- 需自備膝上型電腦,推薦使用win10系統,4G以上記憶體(推薦8G)。課程實踐根據需要會提供雲端計算平臺
- 培訓班所有資料,文件為內部資料,僅供參閱,未經允許不得翻印外傳登刊
- 上課期間禁止錄音,錄影
- 成功付款的學員,若臨時有緊急事情不能到來的,可申請延期,更換後續培訓班;也可申請退款
- 若開課2周 (含) 前申請退款可退還85%費用;開課3個工作日 (含) 前申請退款退還70%的費用 (若已開發票需承擔相應手續費)
- 不可先延期再退款
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