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生物資訊通識技術研討會

易生信系列課程 轉錄組ChIP-seq擴增子巨集基因組是從原始資料到分析結果的理論加實戰型課程,課程安排內容飽滿,時間緊張,是學習專業生信分析和解決實際問題的首選課程。這些課程適合零基礎或者有一定分析經驗的朋友學習,但都需要後續加強練習,基礎越好,學的效果越好。不管什麼課程,只想著靠3天就能學會,是不現實的 (基礎好除外)。我們是希望通過3天時間,把整個分析過程和我們的分析經驗糅合在一起,帶領大家走一遍,節省需要自己摸索半年甚至多年的時間,後續再輔以視訊和我們提供的全套流程指令碼練習,1-2個月掌握問題不大。

作為對系列課程的補充,我們這次推出生物資訊通識課,包含常見組學技術的原理、應用和概念,R語言基礎,Windows下使用Linux命令快速提取資料和準備繪圖所需的檔案,常見組學圖形的解讀和繪製等,希望能為實驗生物學家瞭解生信和生信初學者提供一個快速通道。

課程涉及主要內容如下:

每節課1小時一個主題,理論結合實戰,學懂原理,實戰實操,全是老司機多年經驗和程式碼的無私分享。下面是課程安排,如11代表第一天第一節課,26代表第二天第六節課,(實際上課會有調整,理論和實戰穿插調和)41為兩週後的線上集中視訊答疑。

編號 主題 簡介
11 生物資訊是什麼 能解決哪些問題,有哪些應用
12 高通量技術概述 高通量測序應用的種類、概念、原理和用途介紹
13 不同代次高通量測序技術 原理和優缺點
14 組學和生物調控 案例解析
15 擴增子和巨集基因組 基本概念和應用
16 擴增子和巨集基因組 基本分析思路和圖表解讀
17 常見資料庫使用介紹 多組學分析
21 繪製miRNA、基因、轉錄因子調控網路,菌群共存 公共資料庫獲取資料轉換格式,文獻挖掘
22 KEGG/Reactome/GO通路圖表達屬性視覺化 Cytoscape,模式和非模式生物
23 R語言基礎知識 資料讀取轉換
24 R語言繪製常見圖形 見圖
25 R語言繪製常見圖形 見圖
26 繪製常見圖形和排版 可自己提需求
27 分組、時間序列和數量性狀GSEA 原理、操作和結果解讀
31 Linux基礎操作 常用命令解析,windows下操作
32 Linux軟體安裝 伺服器操作
33 Sed,awk操作 ID轉換、檔案格式轉換
34 Linux命令練習 準備常見繪圖所需檔案
35 WGCNA基因共表達分析 表型關聯
36 考試、圓桌論壇 自評學習效果、知識點回顧
41 答疑-線上 答疑、考試內容串講

生物資訊基本知識和概念

  1. 生物資訊是什麼,能解決哪些問題,有哪些應用
  2. 高通量測序有哪些型別和應用,smRNA-seq,RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C,scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多為解決特定問題而生的技術。
  3. 不同代次高通量測序技術的原理和優缺點
  4. 從細胞和DNA結構闡釋生信在解析生物分子調控中的應用
  5. 其它您想了解的生信知識 (可報名時提出,也可現場提出)
  6. CNS多組學文章2篇解讀 (轉錄組、表觀修飾組和突變組)
  7. CNS常見生物資訊圖形含義解讀、適用範圍和線上繪製

擴增子和巨集基因組

  1. 擴增子和巨集基因組研究基本概念
  2. 擴增子和巨集基因組研究基本分析思路
  3. 擴增子和巨集基因組研究圖示解讀
  4. 微生物物種和功能組成CNS文章套路解讀

常見分析和圖形繪製

  1. 利用常見資料庫挖掘基因的功能、表達模式和互作蛋白
  2. 從線上資料庫獲取細胞型別特異高表達的基因
  3. 線上資料庫挖掘基因的轉錄因子調控資訊和表觀修飾資訊
  4. Cytoscape繪製網路圖
  5. Cytoscape繪製KEGG/Reactome通路圖並進行表達屬性視覺化
  6. Cytoscape繪製轉錄調控網路和蛋白蛋白互作網路
  7. Cytoscape進行GO富集分析和視覺化
  8. Cytoscape進行文獻挖掘,探索基因功能
  9. GSEA本地軟體使用和結果解讀
  10. 其它軟體後續補充
  11. 線上繪圖工具介紹
  12. 文章發表圖的修改和排版
  13. R語言資料處理和繪圖入門

多組學資料分析

  1. 線上基因組瀏覽器載入公共資料解析多組學資料, 聯合釋出的轉錄組、表觀修飾和三維結構資料查詢基因的調控關係.

生信Linux基礎

  1. 生信軟體安裝基本概念和操作
  2. 生信Linux基礎學習
  3. 在windows下如何利用簡單命令轉換檔案格式,提取序列,ID匹配,為常用軟體提供資料輸入格式等
  4. 生信分析軟體舉例和適用範圍介紹

當然,以上列出的也只是一部分內容,更多的還希望各位朋友踴躍提出,定製專屬課程。

(如果基礎薄弱,報名付款成功後,可免費領取基礎程式課,做好準備工作, 讓程式成為我們的得力工具而不是學習新知識的絆腳石。)

往期精彩回顧

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主講教師

陳同,博士,2015畢業於中科院遺傳與發育生物學研究所,生物資訊專業博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平雜誌以第一作者或主要作者發表文章,運營有數萬人關注的《生信寶典》微信公眾號,給你不一樣的學習生信體驗。

劉永鑫,博士。2008年畢業於東北農大微生物學專業。2014年中科院遺傳發育所獲生物資訊學博士學位,2016年博士後出站留所工作,任巨集基因組學實驗室工程師,目前主要研究方向為巨集基因組學資料分析與可重複計算。發表論文10餘篇,SCI收錄7篇。2017年7月創辦“巨集基因組”公眾號,目前分享巨集基因組、擴增子原創文章185篇,關注人數2.3萬人,累計閱讀近300萬次。

助教團隊

十餘名中國科學院、清華、北大博士(含在讀),輪值講師和助教,輔助學員學習和矯正培訓過程中不足的點。

授課模式

本課程以講解流程和實際操作為主,採用獨創四段式教學,封裝好的程式碼全部分享,隨處可用:

  • 第一階段 3天集中授課;
  • 第二階段 自行練習2周;
  • 第三階段 線上直播答疑;
  • 第四階段 培訓視訊繼續學習;
  • 實現教-練-答-用四個環節的統一協調。

培訓時間

生物資訊通識培訓課程

2018-12-14 到 2018-12-16 (線下講解實戰)
每天早9點到晚6點,半封閉式教學 (最後1小時為集中討論時間,最後一天會稍微提前一些,多留出時間討論,也方便老師乘車返回)
報到時間:提前一天或者當天都可以

授課地點

北京市西城區鼓樓明德大廈 (北京市舊鼓樓大街47號院2號樓2010)。

課程價格

  1. 截止 2018-12-8 4199 元/人
  2. 名額有限,每次課程報名滿40人後自動關閉報名通道
  3. 提供易漢博基因科技實習機會或工作機會
  4. 課程連報有優惠,具體見報名網站

課程福利

  1. 座位按報名並繳費或預付款成功順序從前到後龍擺尾式排序
  2. 贈送程式基礎課和對應課程往期視訊課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人 (N,10>N>1) 組團報名並同時繳費,每人還可減免N-1百元 (最高500)
  4. 贈送金士頓U盤一個(32G含培訓資料和指令碼)
  5. 附推薦語分享對應的招生資訊到朋友圈,截圖發到[email protected] 可獲得200元生信寶典騰訊課堂課程優惠券(可拆分供多個課程使用)

注意事項 *

  1. 需自備膝上型電腦,推薦使用win10系統,4G以上記憶體(推薦8G)。課程實踐根據需要會提供雲端計算平臺
  2. 培訓班所有資料,文件為內部資料,僅供參閱,未經允許不得翻印外傳登刊
  3. 上課期間禁止錄音,錄影
  4. 成功付款的學員,若臨時有緊急事情不能到來的,可申請延期,更換後續培訓班;也可申請退款
  5. 若開課2周 (含) 前申請退款可退還85%費用;開課3個工作日 (含) 前申請退款退還70%的費用 (若已開發票需承擔相應手續費)
  6. 不可先延期再退款
    更多課程的詳細介紹,請掃描下方二維碼。

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http://www.ehbio.com/Training/
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